【中国】新型コロナウイルス(武漢肺炎)は、いつ見つかった【小ネタ】

新型コロナウイルス武漢肺炎)の発見時期について、こんな記事がありました。

www.zakzak.co.jp

さらに同時期、新型コロナウイルスに関する、中国側の隠蔽体質を暴露する新たな報道があった。

 英紙サンデー・タイムズが5日付で、独自の調査報道「発覚=コロナウイルスの7年間の軌跡、鉱山での死から武漢研究所まで」を発表したのだ。

 記事によると、中国雲南省の銅山の廃坑で2012年春、コウモリのふんを片付ける作業をした鉱夫6人が、39度以上の高熱を出し、重症肺炎になった。5人が呼吸困難に陥り、3人が死亡したという。

 武漢ウイルス研究所は、12年8月から13年7月まで、「コウモリ女(バット・ウーマン)」の異名を持つ石正麗氏らのチーム6人を雲南省に派遣し、現地調査を行った。分析と貯蔵を目的に、数千以上のコウモリのふんのサンプルを採取し、武漢に送った。

 石氏は16年2月に発表した報告書に、「SARS(重症急性呼吸器症候群)に似たコロナウイルスの新種を『RaBtCoV/4991』と命名した」と記した。ただ、「鉱夫3人の死」には触れなかった。

キーワードは「RaBtCoV/4991」だよなあ~~ということで、検索したら、こんな英語記事がありました。長くなりますが、引用します。

「Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft

(「廃坑でのいくつかのコウモリのコロニーにおける複数のコロナウイルスの共存」)

Received Date: 01 January 2016
Accepted Date: 22 January 2016
Published Date: 18 February 2016

https://www.virosin.org/article/doi/10.1007/s12250-016-3713-9

Abstract
Since the 2002–2003 severe acute respiratory syndrome (SARS) outbreak prompted a search for the natural reservoir of the SARS coronavirus, numerous alpha- and betacoronaviruses have been discovered in bats around the world. Bats are likely the natural reservoir of alpha- and betacoronaviruses, and due to the rich diversity and global distribution of bats, the number of bat coronaviruses will likely increase. We conducted a surveillance of coronaviruses in bats in an abandoned mineshaft in Mojiang County, Yunnan Province, China, from 2012–2013. Six bat species were frequently detected in the cave: Rhinolophus sinicus, Rhinolophus affinis, Hipposideros pomona, Miniopterus schreibersii, Miniopterus fuliginosus, and Miniopterus fuscus. By sequencing PCR products of the coronavirus RNA-dependent RNA polymerase gene (RdRp), we found a high frequency of infection by a diverse group of coronaviruses in different bat species in the mineshaft. Sequenced partial RdRp fragments had 80%–99% nucleic acid sequence identity with well-characterized Alphacoronavirus species, including BtCoV HKU2, BtCoV HKU8, and BtCoV1, and unassigned species BtCoV HKU7 and BtCoV HKU10. Additionally, the surveillance identified two unclassified betacoronaviruses, one new strain of SARS-like coronavirus, and one potentially new betacoronavirus species. Furthermore, coronavirus co-infection was detected in all six bat species, a phenomenon that fosters recombination and promotes the emergence of novel virus strains. Our findings highlight the importance of bats as natural reservoirs of coronaviruses and the potentially zoonotic source of viral pathogens.

(中略)

Detection of CoVs in bats

Among the collected 276 fecal samples, 138(50%)were positive for coronavirus: 45.7%(37/81) in August and 74.7%(74/99) in September 2012, and 46.2%(24/52) in April and 6.8%(3/44) in July 2013. All six bat species showed high infection rates, from 35% to 73%(Table 1). R. sinicus, R. affinis, and M. schreibersii were observed to have the highest infection rates in September 2012. Due to the small sample size, it was not possible to accurately assess changes in the infection rate for H. pomona, M. fuliginosus, and M. fuscus.

From the 138 positive samples, 152 RdRp partial coronavirus sequences(approximately 400 bp)were obtained, indicating co-infections of two viruses. Two sequences(HiBtCoV/3740-2 and RaBtCoV/4991) were homologous to betacoronaviruses, all other 150 sequences were homologous to alphacoronaviruses, including the established bat coronavirus species BtCoV 1, BtCoV HKU2, and BtCoV HKU8, unassigned BtCoV HKU7 and BtCoV HKU10, and unclassified alphacorona-virus(Table 2, Figure 2). To better underst and the phylogenetic relationships between these bat coronaviruses, we selected 12 samples representing different branches of the tree and extended the sequence of the partial RdRp screening fragment to 816 bp(Figure 3). The partial RdRp sequences obtained in this study were submitted to GenBank under accession numbers KP876505 to KP876546 and KU343189 to KU343200.

同じ部分を、Google翻訳で日本語翻訳してみました。

概要
2002–2003年の重症急性呼吸器症候群SARS)の発生により、SARSコロナウイルスの天然の貯蔵所が探索されて以来、世界中のコウモリで多数のアルファおよびベータコロナウイルスが発見されています。コウモリは、アルファおよびベータコロナウイルスの自然な貯蔵所である可能性が高く、コウモリの豊富な多様性と世界的な分布により、コウモリコロナウイルスの数は増加する可能性があります。 2012年から2013年まで、中国雲南省茂江県の廃坑でコウモリのコロナウイルスの監視を実施しました。 6つのコウモリ種が洞窟で頻繁に検出されました:Rhinolophus sinicus、Rhinolophus affinis、Hipposideros pomona、Miniopterus schreibersii、Miniopterus fuliginosus、およびMiniopterus fuscus。コロナウイルスRNA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子(RdRp)のPCR産物をシーケンシングすることにより、鉱山の異なるコウモリ種のコロナウイルスの多様なグループによる高頻度の感染を発見しました。シーケンスされた部分RdRpフラグメントは、BtCoV HKU2、BtCoV HKU8、およびBtCoV1を含む十分に特徴付けられたアルファコロナウイルス種、および割り当てられていない種BtCoV HKU7およびBtCoV HKU10と80%〜99%の核酸配列同一性を示しました。さらに、サーベイランスでは、2つの未分類のベータコロナウイルスSARSのようなコロナウイルスの1つの新株、および1つの潜在的に新しいベータコロナウイルス種を特定しました。さらに、コロナウイルスの共感染は、6種類のコウモリすべてで検出されました。これは、組換えを促進し、新しいウイルス株の出現を促進する現象です。私たちの調査結果は、コロナウイルスの自然のリザーバーとしてのコウモリの重要性と、ウイルス性病原体の人畜共通感染の可能性のある原因を強調しています。

(中略)
コウモリのCoVの検出
収集された276の糞便サンプルのうち、138(50%)はコロナウイルス陽性でした:8月に45.7%(37/81)、2012年9月に74.7%(74/99)、4月に46.2%(24/52)、6.8 2013年7月の%(3/44)。6種すべてのコウモリが35%から73%までの高い感染率を示しました(表1)。 R. sinicus、R。affinis、およびM. schreibersiiは、2012年9月に感染率が最も高いことが観察されました。サンプルサイズが小さいため、H。pomona、M。の感染率の変化を正確に評価できませんでした。 fuliginosus、およびM. fuscus。

138の陽性サンプルから152 RdRp部分コロナウイルスシーケンス(約400 bp)が得られ、2つのウイルスの同時感染を示しています。 2つのシーケンス(HiBtCoV / 3740-2およびRaBtCoV / 4991)は、ベータコロナウイルスと相同であり、他の150シーケンスは、確立されたコウモリコロナウイルス種BtCoV 1、BtCoV HKU2、およびBtCoV HKU8、割り当てられていないBtCoV HKU7、BtCoV HKU10とアルファコロナウイルスと相同でした。および未分類のアルファコロナウイルス(表2、図2)。これらのコウモリコロナウイルス間の系統的関係をよりよく理解するために、木の異なる枝を表す12のサンプルを選択し、部分的なRdRpスクリーニングフラグメントのシーケンスを816 bpに拡張しました(図3)。この研究で得られた部分的なRdRpシーケンスは、アクセッション番号KP876505からKP876546およびKU343189からKU343200でGenBankに提出されました。

「石氏は16年2月に発表した報告書に、「SARS(重症急性呼吸器症候群)に似たコロナウイルスの新種を『RaBtCoV/4991』と命名した」と記した。」というのは、事実のようですね。

なんか、また新型コロナ(武漢肺炎)が、武漢の研究所が発端となった可能性が高くなった気がします。